使用命令提交并行运行作业

本章节以运行 Lammps 软件应用程序为例，详细介绍在 EHPC 集群中通过命令行提交作业、查看作业结果的具体流程，从而使用户可以更好的理解 EHPC 集群中命令行的基本使用逻辑。

作业文件说明

Lammps 软件应用过程中，需要用到的作业文件包括：

计算文件，文件格式为 *in 或 .lj 。
其他相关文件，文件格式为 .restart，__airebo，__lcbop等。

在本次示例中需要用到 .lj 计算文件和执行脚本文件 .sh，用户可在附录中查看或下载源码。

操作步骤

创建 EHPC 集群。

说明

本示例中所创建的 EHPC 集群登录节点和管控节点采用的默认配置，计算节点则使用 4 台 2 核 4G 的通用计算节点。
等待集群创建完成后，将 Lammps 作业所需的文件（.lj 和 .sh文件）上传至 EHPC 集群的共享目录中，详细步骤可参考上传文件相关章节。

说明

在本示例中需上传的文件为附录中的 ball.lj 和 ball.sh 文件。
参考 WebSSH 章节相关内容，登录至集群的登录节点。

说明
本示例中所创建的 EHPC 集群登录节点和管控节点采用的默认配置，计算节点则使用 4 台 2 核 4G 的通用计算节点。

说明
在本示例中需上传的文件为附录中的 ball.lj 和 ball.sh 文件。

依次执行如下 module 命令，加载 OpenMPI， Lammps 以及 IntelMPI 模块。

说明

说明
若想要了解更多 `module` 相关命令，可执行 `module --help`。

若想要了解更多 module 相关命令，可执行 module --help。

加载 OpenMPI 模块。
```
module load openmpi
```

加载 Lammps 模块，版本为 20190430。

module load lammps/20190430

说明

说明
若不指定版本号，此命令会默认加载相应模块的最新版本，若需加载其他版本，可执行 `module avail lammps` 命令查看当前系统可支持的模块版本后，再执行 `module load lammps/20190430` 命令加载指定版本，其中 `20190430` 为模块版本号，需根据实际情况进行修改。执行 `module unload lammps`，可卸载相应的模块，其中 lammps 为模块名称需根据实际情况进行修改。

若不指定版本号，此命令会默认加载相应模块的最新版本，若需加载其他版本，可执行 module avail lammps 命令查看当前系统可支持的模块版本后，再执行 module load lammps/20190430 命令加载指定版本，其中 20190430 为模块版本号，需根据实际情况进行修改。
执行 module unload lammps，可卸载相应的模块，其中 lammps 为模块名称需根据实际情况进行修改。

加载 IntelMPI 模块，此处需加载 intel/18.0. 1 版本，与 lammps/20190430 相匹配。
```
module load intel/18.0.1
```

执行如下命令，查看上述模块是否加载成功。返回结果中会显示当前系统中已加载的模块文件。
```
module list
```
回显示例：
```
Currently Loaded Modulefiles:
 1) hpcmodulefiles   2) lammps/20190430   3) openmpi/4.1.1  4) intel/18.0.1
```
执行如下命令，进入上传有 Lammps 作业相关文件的目录下，即步骤 2 文件上传的路径。

由于本示例中，运行所需文件被上传至共享目录下新建的 /test 目录：

故，此处执行命令如下：
```
cd /es01/jinan/shared_J_2/test
```
查看当前目录下的所有文件。其中 .lj 为 Lammps 的计算文件，.sh 文件为作业运行脚本，其详细内容请参看附录
```
ls -alh
```
执行如下命令，提交作业。作业提交成功后，会显示相应的 job id，如下所示本示例的 job id 为 3。
```
sbatch ball.sh
```
回显示例：
```
Submitted batch job 3
```
在弹性高性能计算 EHPC 控制平台页面，选择左侧导航栏中的作业管理，上述步骤中提交的作业已显示在列。
点击相应作业操作列中的详情，进入其详细信息页面，选择计算目录，选择计算文件上传的路径，本示例为 /test 文件夹，用户可自主查看或下载指定文件。
将 atom.xyz 文件 下载至本地后，上传至 VMD 软件查看结果即可。

附录

计算文件

本次示例中使用到的 Lammps 作业的计算文件源码 ball.lj 内容如下，可从此处下载。

#原子数量
variable npart  equal 800
#体系单位lj
units    lj
#二维体系
dimension 3
#原子类型atomic
atom_style  atomic
#周期性边界
boundary        p p p
#近邻参数
neighbor        6   bin
#邻居列表更新频率
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
#  box 尺寸
region box block -20 20 -20 20 -20 20
#在 box 内生成 2 种原子
create_box 2 box
#转为二维计算
#fix 3d  all enforce3d
#在 box 内随机生成 800 个原子，原子类型为1
create_atoms 1 random ${npart} 324523 box
#随机生成 1 个类型为 2 的原子
create_atoms 2 random 1 32524523 box
#原子质量
mass   1  1
mass   2  5
#设置力场参数， soft 势
pair_style soft      1.0
pair_coeff 1 1 10.0  1.0
pair_coeff 1 2 10.0  3.0
pair_coeff 2 2 10.0  3.0
#温度初始化
velocity all create 2.0  34234123 dist gaussian
#能量最小化，防止原子重叠
minimize 1e-4 1e-4 1000 1000
#步数初始化为0
reset_timestep 0
#输出设置
#dump        img all atom  10000 atom.xyz
# nve 系综
fix integrator all nve
#热力学输出
thermo_style custom step temp  ke pe
thermo    100
#模拟步长
timestep  0.001
#启动模拟
#输出设置
dump        DUMPFILE all xyz 100 atom.xyz
run    500000

执行脚本

执行脚本 ball.sh 内容如下，也可从此处下载。

#!/bin/bash

#SBATCH -J ball # 指定任务名称
#SBATCH -n 4 # 指定核心数量
#SBATCH -N 4 # 指定 node 的数量
#SBATCH -p normal # 提交到哪一个分区
#SBATCH --mem=2000 # 所有核心可以使用的内存池大小， MB 为单位
#SBATCH -o ball.o # 把输出结果 STDOUT 保存在哪一个文件
#SBATCH -e ball.e # 把报错结果 STDERR 保存在哪一个文件
#SBATCH -t 1-5:00 # 运行总时间，天数-小时数-分钟， D-HH:MM

mpirun -np 4 lmp_mpi -in ball.lj